孕妇做卵巢囊肿手术最佳时间是在怀孕第12-28周，孕中期做手术相对来说流产或者早产风险还是比较低的，孕期卵巢囊肿最佳的手术时机是孕中期，因为晚孕期容易引起早产，早孕期容易引起流产。怀孕期间很多手术如果要做的话，一般都是放在这个孕周做，包括甲状腺的手术、胆囊、阑尾等，多考虑可以在孕中期12周到28周做，因为这时间段相对来说是最稳定的，对于胎儿与孕妇的影响也相对较小。